Moyá aloitti ammattiuransa vuonna 1995. Samana vuonna hän voitti ensimmäisen ATP-tittelinsä Buenos Airesissa . Moyá saavutti ensimmäisen finaalin Grand Slam -turnauksessa vuonna 1997 Australian avoimella turnauksella . Matkalla sinne hän voitti muun muassa Boris Beckerin ja Michael Changin . Finaalissa hänet voitti sitten silloinen maailman ykkönen Pete Sampras . Samana vuonna Moyá pääsi ATP: n maailmancupin semifinaaleihin Hannoverissa, jossa hän pystyi voittamaan Samprasin tällä kertaa alkukierroksella. Semifinaalissa hänet voitti sitten Jevgeny Kafelnikov .
Vuonna 1998 Moyá voitti ainoan Grand Slam -tittelinsä Ranskan avoimessa sarjassa . Hän pääsi myös ATP: n maailmanmestaruuskilpailujen finaaliin, jossa hänet kukisti Àlex Corretja . 15. maaliskuuta 1999 Moyá oli numero yksi maailmassa. Hänellä oli korkein asema maailman rankingissa kaksi viikkoa.
Kahden heikomman vuoden jälkeen Moyá voitti Masters Cincinnatissa vuonna 2002 ja pääsi Masters Cupiin Shanghaissa. Siellä hän pääsi semifinaaliin, jossa Juan Carlos Ferrero voitti hänet . Vuonna 2004 hän voitti Masters-turnauksen Roomassa . Vuonna 2007 Moyá pääsi Ranskan avoimen puolivälieriin , mutta hävisi sitten Rafael Nadalille 4: 6, 3: 6 ja 0: 6. Heinäkuun lopussa hän voitti Umag-turnauksen.
Huhtikuussa 2009 Moyá leikkaasi lonkansa loukkaantumisen jälkeen, minkä jälkeen hänen täytyi pitää pakollinen tauko useita kuukausia. Vuoden 2010 alussa hän palasi ATP-kiertueelle, mutta epäonnistui enimmäkseen ensimmäisellä kierroksella. Muun muassa hän hävisi Saksan Benjamin Becker klo Madridin Masters 0: 6 ja 2: 6. Tämän toukokuun 2010 ottelun pitäisi olla hänen viimeinen kiertueellaan. Marraskuussa 2010 Moyá ilmoitti vetäytyvänsä ammattitenniksestä jatkuvien jalkaongelmien takia. Hänet juhlallisesti jätti hyvästit Lontoon ATP World Tour -finaaleilla vuonna 2010 .
Hän on ollut Rafael Nadalin valmentajajoukossa vuodesta 2017 ja Toni Nadalin eläkkeelle siirtymisen jälkeen päävalmentajana vuodesta 2018.
Pelityyli
Moyalla oli erittäin vaikea vaikutus jopa 218 km / h . Kilpailussa hän yritti lähinnä käyttää vahvaa kättään. Hän soitti kättä molemmin käsin. Hän menestyi erityisen hyvin savikentillä. Vaikka hän on vasenkätinen, hän pelasi tennistä oikealla kädellään.