FC Groningen perustettiin 16. kesäkuuta 1971 ja syntyi GVAV: n ulkoistetusta ammattilaisjalkapallo-osastosta ( Groninger Voetbal en Atletiek Vereniging ). Klubi aloitti Ehrendivisionissa, mutta piti pudota Eerste Divisieen kolme vuotta myöhemmin . Vuonna 1980 Eersten Divisien Groningenin mestarit ylennettiin uudelleen. Vuonna kaudella 1983/84 oli ensimmäinen pelataan Euroopan Oosterparkin. Vuonna UEFA Cupin , Atlético Madrid oli ensimmäinen voitettu ennen kuin he joutuivat myöntämään tappionsa Inter Milan toisella kierroksella . Euroopan kilpailuissa pelattiin yhteensä 24 peliä. Kautta 1990/91 , jossa he pelasivat kansallista mestaruutta enintään neljä pelipäivää ennen kauden loppua, pidetään FC Groningenin parhaana peliaikana . Viime kädessä se riitti vain kolmannelle sijalle.
Tätä seurasi urheilun asteittainen lasku. Vuonna 1997/98 kaudella, FC Groningen nousi sen Eerste Division jälkeen 18 vuoden kunniatohtorin jako . Vaikka Sparta Rotterdam joutui väistymään toisen divisioonan ensimmäisenä vuonna , heidät ylennettiin uudelleen vuonna 2000. Kaudella 2006/07 ja 2007/08 voit päästä UEFA Cupiin.
Toukokuun 3. 2015 FC Groningen vietetään ensimmäisenä menestystä seuran historiassa, kun he voitti Hollannin jalkapallon cup 2-0 alistavat puolustavan mestarin PEC Zwolle . 27. kesäkuuta 2020 klubi ilmoitti, että Arjen Robben palaa nuorisoseuraansa kaudelle 2020/21 .