Copa América 1999 oli 39. peli Etelä-Amerikan manner mestaruuden jalkapallossa ja käytiin ensimmäistä kertaa vuonna Paraguayn 29/6-18/07. Kuten vuoden 1993 turnauksesta lähtien , mukana oli kaksi muuta kuin eteläamerikkalaista vierailijaryhmää. Japanin kanssa tämä oli ensimmäinen kerta Aasian ja neljännen kerran Meksikon joukkue. Toisin kuin muissa maajoukkueissa, Uruguayssa pelasi juniorivalinta.
Mikään ei muuttunut kilpailutilan suhteen. Peli pelattiin yhdistelmänä ryhmävaihe ja sitä seuraava pudotuspeli . Ryhmävaihe pelattiin kolmessa ryhmässä, joista jokaisessa oli neljä joukkuetta. Kunkin ryhmän kaksi parasta joukkuetta ja kaksi parasta kolmanneksi sijoittunutta joukkuetta pääsivät puolivälieriin. Tasapuolisissa tilanteissa maaliero päättyi. Viimeisellä kierroksella ei ollut ylimääräistä aikaa 90 minuutin jälkeen, jos pisteet olivat tasan, vaan rangaistuspotku . Puolustavan mestarin Brasilian oli aloitettava ryhmäkilpailu tavalliseen tapaan. Kahta poikkeusta lukuun ottamatta kaikki ryhmäkilpailut ja yksi kaksoistapahtumien puolivälierät pelattiin samana päivänä samalla stadionilla.
Brasilia puolusti vuoden 1997 titteliään voittamalla kaikki kuusi peliäan, kuudennen kerran Copa America. Tämän voiton myötä Brasilia pääsi Etelä-Amerikan edustajaksi FIFA Confederations Cupiin vuonna 2001 .